Il topo domestico danneggia le derrate alimentari di cui si nutre, non solo per la quantità asportata, che per ogni individuo è stimata in circa 3 g al giorno, ma soprattutto per l’inquinamento che ne deriva dovuto agli escrementi e alle urine che il topo abbandona sul substrato frequentato, nonché ai peli; tracce oleose si depositano lungo i passaggi degli individui. Gli ambienti frequentati dai topi assumono il caratteristico odore dovuto soprattutto alle urine.
A questo danno si deve aggiungere quello causato dai rosicchiamenti: il topo domestico (come i ratti) porta, anche da adulto, incisivi in continua crescita, ha la necessità di tenerli affilati evitandone così l’eccessivo accrescimento. Rosicchia parecchi materiali come legno, plastica, cavi elettrici, attività utile al topo anche per aprirsi dei varchi, esplorare nuovi ambienti e raggiungere il cibo, ma molto deleteria per le attività umane perché talora è causa di cortocircuiti, e in casi rari addirittura di incendi. Altri problemi possono essere causati dalla costruzione dei nidi, effettuata ammucchiando rimasugli di vari materiali radunati o rosicchiati in anfratti sufficientemente protetti e difficili da raggiungere per la rimozione.